O material que sobra após a biodigestão é chamado de biofertilizante. Esse material é um fertilizante natural de excelente qualidade que pode ser utilizado na adubação de lavouras. O biofertilizante é um produto rico em matéria orgânica que possui todos os minerais e nutrientes presentes antes da biodigestão, pois tal processo não gera perdas.
O biofertilizante traz diversos benefícios em comparação com fertilizantes químicos que causam malefícios ao ambiente e à saúde do homem com os resíduos que permanecem no alimento.